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L’Usep a été instituée le 1er février 1939 par une circulaire adressée aux recteurs par le ministre de l’Éducation nationale, Jean Zay.

Créée à la veille de la Seconde Guerre mondiale, l’Usep constituait à cette époque la commission scolaire de l’Union française des œuvres laïques de l’éducation physique (Ufolep), fédération sportive de la Ligue de l’enseignement. L’Usep devient le pendant, pour le premier degré, de l’Office du sport scolaire et universitaire (l’Ossu, ancêtre de l’Union nationale du sport scolaire), fondé trois ans plus tôt par Léo Lagrange dans le grand élan du Front populaire. Mais, en 1942, le régime de Vichy décrète la dissolution conjointe de la Ligue de l’enseignement, de l’Ufolep et de l’Usep.

Relancée à la Libération, l’Usep prend son essor à partir des années 1950. Outre les enfants de cours élémentaire et de cours moyen, elle regroupe alors les jeunes adolescents qui, après le CM2, achèvent leur scolarité par deux années supplémentaires à l’école. Cette spécificité disparaît en 1969 avec la création du collège unique et l’incorporation de ces élèves à l’Assu, future UNSS. Parallèlement, l’Usep contribue au développement de l’éducation physique et sportive à l’école. Elle fournit aussi ses premiers cadres au nouveau corps des conseillers pédagogiques de circonscription spécialisés en EPS.

La progression des effectifs est constante et s’appuie d’abord sur les activités athlétiques et les sports collectifs. L’Usep comptera jusqu’à 928 500 licenciés enfants en 1984, date à laquelle la loi Avice sur le sport impose une révision de ses statuts. L’Usep se constitue alors en fédération sportive, réunissant des associations régies par la loi de 1901, et rejoint en son nom le Comité national olympique et sportif français (CNOSF).

Dans les années 1990 et 2000, l’Usep diversifie ses activités et ses publics. Elle élargit sa palette de disciplines : tchoukball, kinball, frisbee-ultimate, pelote basque, badminton, jeux traditionnels, etc. Elle adapte ses rencontres aux enfants de maternelle. Elle lance des opérations nationales : P’tit Tour à vélo en 1996, Scolafoot en 1998 pour accompagner la Coupe du monde en France. Suivront, en partenariat avec les fédérations concernées : Scolarugby, Scolahand, Escrime-toi pour 2010 !, etc.

Par ailleurs, en 2004, le comité directeur de l’Usep élit pour la première fois un président distinct de celui de l’Ufolep. La direction nationale prend également son autonomie, évolution qui permet à la fédération de se consacrer pleinement au développement du sport scolaire du premier degré.